Informație

Există exemple bine studiate de inserție membranară mediată de ERAD, în special de la viruși?


Inserarea pe membrană a proteinelor transmembranare necesită în mod tipic elice alfa extrem de hidrofobe la capătul N-terminal, peptidele de semnal N-terminale, ancorele cozii sau o combinație a celor trei.

Byun, H., Gou, Y., Zook, A., Lozano, M. și Dudley, J. (nd). ERAD și cum îl exploatează virușii. Frontiere în microbiologie, 5

Aceste procese au loc co-translațional și sunt mediate de transloconul SEC și de factorii asociați (în special transferurile de ancorare GPI pentru proteinele ancorate în coadă). Cu toate acestea, cercetările mele de licență se concentrează pe o proteină virală care pare să fie tradusă în asociere cu SRP și translotată co-translațional la ER de translocon, dar nu este ancorată la membrană în timpul translocației. Acest lucru a fost demonstrat (de către alții) prin purificarea fracției asociate ER a proteinei și centrifugarea care arată majoritatea granulată cu fracția densă, solubilă. O fracțiune mică a fost combinată cu fracția de membrană de densitate mică, iar cercetările mele sugerează în plus că această fracție de membrană este importantă pentru evadarea ei din ER.

Proteina pe care o studiez funcționează în citoplasmă, nu în ER sau în calea secretorie și, prin urmare, evadarea ei din ER este esențială pentru funcționarea sa. Calea tipică ERAD pentru proteinele solubile implică retrotranslocarea prin canalul translocon Sec61 (același canal implicat în translocația co-translațională, dar cu factori asociați diferiți în timpul ERAD), dar acest lucru ar duce la desfășurarea proteinei înainte de retrotranslocarea sa la citosol . Pe de altă parte, calea ERAD pentru proteinele de membrană („calea de dislocare”) pare să dislocheze proteinele de membrană pliate, păstrând în același timp majoritatea sau toate structurile terțiare / cuaternare (citarea anterioară și mai jos).

Avci, D. și Lemberg, M. K. (2015). Decupare sau extragere: două modalități de degradare a proteinelor membranare. Trends In Cell Biology, (10), 611. doi: 10.1016 / j.tcb.2015.07.003

Știind că proteina nu este inserată co-translațional în membrană, deoarece doar o mică fracțiune este asociată membranei și se suspectează că fracția mică asociată membranei este importantă pentru evadarea ei din ER, deoarece calea de dislocare permite ieșirea proteinei pliate din ER , intrebarea mea este:

Cum ar putea fi întreruptă calea retrotranslocării proteinelor solubile, astfel încât aceasta (rareori) să ducă la inserarea membranei a acestei proteine la o etapă timpurie în desfășurarea cuplată a retrotranslocării, astfel încât proteina pliată să poată urma calea de dislocare în citoplasmă?

Aș aprecia orice exemple de procese similare în viruși sau în eucariote, dar orice speculație cu privire la mecanisme posibile - bazate pe înțelegerea ERAD, dar lipsită de exemple de sprijin - ar fi, de asemenea, foarte apreciată.

Deoarece este vorba de cercetări nepublicate, nu pot fi prea specific cu privire la ce virus sau chiar la ce model de sistem lucrez, dar dacă există informații suplimentare care ar ajuta, voi fi fericit să le furnizez - dacă pot.

O ultimă informație care este, de asemenea, relevantă este că bănuiesc că transmembrana sau domeniul ancorat de membrană al proteinei este foarte aproape de capătul său C-terminal. O altă întrebare importantă pe care aceasta o ridică este dacă retrotranslocația are loc exclusiv prin alimentarea capătului N-terminal al unei proteine ​​în canalul Sec61 sau dacă capătul C-terminal poate fi alimentat direct în canal? Dacă numai capătul N-terminal ar putea fi alimentat în canal, acest lucru ar sugera că cea mai mare parte a proteinei ar trebui să fie desfășurată înainte ca domeniul C-terminal să devină asociat canalului și să poată deveni asociat membranelor, ceea ce anulează principalul beneficiu a căii dislocării; menținerea stării pliate a proteinei.

Dacă cineva poate răspunde doar la această întrebare referitoare la translocon (și să ofere o lectură relevantă), aș fi incredibil de recunoscător, deoarece ar sugera o cercetare ulterioară a literaturii pentru a sprijini mecanismul pe care îl propun.

Mulțumesc!


Noua perspectivă a SARS-CoV-2 Biologie moleculară și patogenie și opțiuni terapeutice

Comitetul de cercetare studențească și Universitatea de Științe Medicale Birjand, Birjand, Iran.

Centrul de cercetare celulară și moleculară, Universitatea de Științe Medicale Birjand, Birjand, Iran.

Departamentul de Imunologie, Torbat Jam Facultatea de Științe Medicale, Torbat Jam, Iran.

Centrul de cercetare a bolilor metabolice Zanjan, Universitatea de Științe Medicale Zanjan, Zanjan, Iran.

Adresa corespondenței către: Negin Parsamanesh, dr., Centrul de cercetare a bolilor metabolice Zanjan, Universitatea de Științe Medicale Zanjan, Zanjan 4213956184, Iran

Centrul de cercetare a bolilor metabolice Zanjan, Universitatea de Științe Medicale Zanjan, Zanjan, Iran.


Prezentare generală a HIV Env

Plicul virionului HIV constă dintr-un complex glicoproteic, numit Env, încorporat într-o membrană fosfolipidică provenită de la gazdă. Fiecare virion include aproximativ 15 complexe de glicoproteine ​​Env [6]. Env în sine constă din trimere de subunități gp120 și gp41 legate necovalent. În timpul replicării, profagul integrat este transcris, producând ARNm Env care este citit de ribozomii reticulului endoplasmatic pentru a produce un polipeptid precursor de aminoacizi 845-870. Acest precursor este modificat cu adăugarea lanțurilor de zahăr cu conținut ridicat de manoză asparagină, rezultând glicoproteina intermediară gp160 [12]. Glicoproteina gp160 formează homotrimeri înainte de a fi exportată în aparatul golgi, unde proteazele gazdei digeră complexul glicoproteic, producând subunități gp120 și gp41 care rămân ca homotrimeri. Pachetele trimerului gp120 și gp41 sunt modificate în continuare prin N-glicozilare. Această etapă de glicozilare singură contribuie foarte mult la variabilitatea structurii proteinei Env gp120, de exemplu, are în jur de 24 de potențiale situri de N-glicozilare, permițând o mare varietate de combinații posibile de N-glicozilare [7, 12].

După N-glicozilare, fasciculele trimer gp120 formează legături necovalente cu fascicule trimer gp41, producând heterodimeri fascicul gp41-gp120 (figura 2). În cele din urmă, proteinele Env mature sunt trimise la membrana celulară și sunt încorporate în virioni înmuguriți din celulă. Rata mare de mutații a HIV înseamnă că mutațiile acestor componente Env sunt destul de frecvente, rezultând un număr mare de virioni descendenți cu complecși glicoproteici Env care nu reușesc să se maturizeze corect sau pur și simplu cad din învelișul viral [12]. Virionii cu aceste complexe de proteine ​​Env neviabile sunt reduse incapabile de infecție. Numărul mare de virioni produși, totuși, garantează că cel puțin o mică parte a virionilor descendenți vor avea complexe viabile de proteine ​​Env.


Infecțiile virale sunt sensibile la pH

Filamentos 790 nm lungime pentru virusul Marburg și 970 nm lungime pentru virusul Ebola. Diametrul este de aproximativ 80nm.

Potrivit medicilor de la Broad Institute of MIT și de la Universitatea Harvard, Ebola devine din ce în ce mai greu de tratat, deoarece mutația rapidă ar putea „face ineficiente tratamentul și vaccinurile”. Oamenii de știință americani indică faptul că pacienții inițiali diagnosticați cu virusul în Sierra Leone au dezvăluit peste 300 de modificări genetice.

Abordările tradiționale ale Ebola sunt depășite de virus, așa că trebuie să ne îndreptăm spre abordări mai fundamentale care vor opri virusul, indiferent la ce muta secvența genică. Sablarea Ebola cu valuri de alcalinitate va funcționa deoarece mulți, dacă nu majoritatea virușilor, necesită un mediu ușor acid pentru a infecta celula. Acestea necesită aciditate ușoară pentru o infectivitate maximă.
Virușii sunt forme de viață parazitare extrem de mici, cele mai mici ființe vii de pe Pământ. În esență, un virus este un buzunar minuscul de proteine ​​care conține material genetic. Deși virușii pot rămâne latenți în afara unui corp viu, ei devin activi numai în contact cu țesutul viu. Odată ce un virus infectează o celulă prin pătrunderea în membrana celulară, acesta poate fie să stea inactiv (infecție lizogenă), fie să înceapă să se reproducă (infecție litică - modelul cel mai frecvent). Când o celulă devine plină de virus, aceasta izbucnește, eliberând virusul pentru a infecta alte celule gazdă.

Anumiți viruși (inclusiv rinovirusurile și coronavirusurile care sunt cel mai adesea responsabili de răceala obișnuită și virusurile gripale care produc gripă) infectează celulele gazdă prin fuziunea cu membranele celulare la pH scăzut. Astfel, acestea sunt clasificate ca viruși dependenți de & # 8220pH. & # 8221

Fuziunea membranelor virale și celulare este dependentă de pH. Membrana plasmatica a celulelor eucariote serveste ca o bariera impotriva invadarii parazitilor si virusilor. Pentru a infecta o celulă, virușii trebuie să fie capabili să-și transporte genomul și proteinele accesorii în celula gazdă, ocolind sau modificând proprietățile barierei impuse de membrana plasmatică. Intrarea în celulele gazdă implică întotdeauna o etapă de fuziune a membranei pentru virusurile animale învelite. Alți viruși înveliți, cum ar fi ortomixovirusurile, alphavirusurile sau rabdovirusurile, intră în celule pe calea endocitară, iar fuziunea depinde de acidificarea compartimentului endosomal. Fuziunea la nivel de endozomi este declanșată de modificările conformaționale ale glicoproteinelor virale induse de pH-ul scăzut al acestui compartiment celular. ” [1]

În biologia membranelor, fuziunea este procesul prin care două straturi lipidice inițial distincte își îmbină nucleele hidrofobe, rezultând o structură interconectată. Tranziția conformațională are loc într-un interval de pH îngust, corespunzător pH-ului optim de fuziune, în care proteina capătă capacitatea de a interacționa cu micelele detergente și veziculele lipidice. Această interacțiune duce la inserarea peptidei de fuziune în membrană, unde se formează un por. S-a sugerat că virusul hepatitei C (VHC) infectează celulele gazdă printr-un mecanism de internalizare dependent de pH. Această fuziune mediată de HCVpp a fost dependentă de pH scăzut, cu un prag de 6,3 și un optim la aproximativ 5,5. [2]

Când pH-ul scade la 6 sau mai jos, apare fuziunea rapidă între membranele virusurilor și lipozomii. Acest lucru are ca rezultat transferul nucleocapsidelor virale în lipozomi. Virionii Ebola sunt luați în celulele endoteliale prin macropinocitoză. După formarea lor, macropinosomii se deplasează mai departe în citoplasmă pentru a dobândi noi markeri sau fuziona cu alte vezicule ale căii endolizozomale standard. Acest lucru mută în cele din urmă virionii Ebola în compartimente mai acide, cum ar fi endozomii timpurii și tardivi, care ajută la fuziunea dependentă de pH a membranelor virale și celulare. [3] În timpul acestui proces, celula se detașează de vecinii săi și pierde contactul cu membrana sa bazală datorită unui mecanism de ocluzie sterică mediată de glican de către GP. [4] Particulele nou create apoi pleacă prin plute lipidice, lăsând un sistem vascular destabilizat responsabil pentru pierderea masivă de sânge caracteristică pacienților cu Ebola. [5]

Inducerea intrării Poliovirusului prin expunerea celulelor la pH scăzut

În cazul unui număr de viruși înconjurați și toxină difterică, veziculele acide pot fi ocolite dacă celulele cu virus sau toxină legată la suprafață sunt expuse la pH scăzut. În aceste condiții, aparent, intrarea are loc direct de la suprafața celulei. Investigațiile științifice indică faptul că pH-ul scăzut este într-adevăr necesar pentru intrarea poliovirusului. Capacitatea celulelor de a modifica poliovirusul în prezența monensinei a fost puternic crescută la pH scăzut. Principala constatare a unui studiu este că o tulpină de poliovirus de tip 1 necesită un pH scăzut pentru injectarea genomului său în citosol. [6]

Infectivitatea cu coronavirus este extrem de sensibilă la pH. De exemplu, tulpina MHV-A59 de coronavirus este destul de stabilă la pH 6,0 (acidă), dar devine rapid și ireversibil inactivată printr-un scurt tratament la pH 8,0 (alcalin). Tulpina de coronavirus uman 229E este infectantă maxim la pH 6,0. Infecția celulelor cu coronavirus murin A59 la pH 6,0 (acid), mai degrabă decât pH 7,0 (neutru), produce o creștere de zece ori a infectivității virusului.

PH-ul extracelular acid activează enzimele lizozomale secretate care au un pH optim în intervalul acid. [7] Hipoxia și aciditatea extracelulară sunt, deși independente unele de altele, sunt profund asociate cu microambientul celular și cu răspândirea cancerului. PH-ul intracelular este în general între

6.8 și 7.4 în citosol și

4.5 și 6.0 în organitele acide ale celulei. Spre deosebire de concentrațiile intracelulare libere de Ca2 +, care se pot schimba rapid de poate de 100 de ori, pH-ul din interiorul unei celule variază doar cu fracțiuni dintr-o unitate de pH și astfel de modificări pot apărea destul de lent.

Inhibarea replicării virusului stomatitei veziculare (VSV) în celulele LB prin interferon (IFN) este sensibilă la pH. Utilizând indicatori sensibili de pH intracelular (pHi), cercetătorii au descoperit că tratamentul cu IFN a crescut semnificativ pH-ul. Creșterea pHi s-a corelat cu o îmbunătățire a activității antivirale a IFN de către aminele primare. Aceste rezultate au indicat faptul că creșterea pHi indusă de IFN poate fi responsabilă pentru acumularea de G în TGN, producând astfel particule de virus cu deficit de G cu infecțiozitate redusă. [8]

PH-ul scăzut din interiorul endosomilor (pH 5-6), menținut de pompele de protoni din membrana endosomală, este cel care declanșează reacția de fuziune între învelișul viral și membrana endosomală. Acesta este un pas cheie în mecanismul infecției virale. La pH scăzut, este indusă o schimbare conformațională majoră în vârful HA.

Odată legată, gripa intră în celula gazdă prin endocitoză. Interiorizarea virusului gripal nu este un proces simplu și poate fi foarte dependent de celule. S-a demonstrat că virușii intră în celule atât prin endocitoză dependentă de clatrin, cât și prin endocitoză independentă de clatrin, precum și prin macropinocitoză. Mediile acide ale endosomului declanșează modificări conformaționale în HA care expun peptida de fuziune, permițând fuziunea viral-endosomală. [9] Expunerea la un pH endosomal scăzut este, de asemenea, necesară pentru eliberarea ribonucleoproteinelor virale individuale (VRNP) din proteina matricei de viruși (M1).

Așa cum este cu infecțiile virale, este cu cancerul. PH-ul extern al tumorilor solide este acid ca o consecință a metabolismului crescut al glucozei și a perfuziei slabe. Sa demonstrat că pH-ul acid stimulează invazia celulelor tumorale și metastaza in vitro și în celule înainte de injectarea venei cozii in vivo. [10]

Medicamentele care cresc pH-ul intracelular (alcalinitatea din interiorul celulei) s-au dovedit a reduce infectivitatea virusurilor dependente de pH. Cu toate acestea, medicamentele care fac acest lucru pot provoca efecte secundare negative. Bicarbonatul de sodiu este cel mai bun mod de a crește pH-ul în condiții de urgență clinică și a fost cunoscut încă din pandemia de gripă spaniolă din 1918 pentru a salva vieți.

Valoarea dovedită a bicarbonatului de sodă Arm & amp Hammer Pure ca agent terapeutic (vindecător) este demonstrată și de următoarea mărturie voluntară a lui Edward R. Hays, M.D.

În 1918 și 1919, în timp ce luptam împotriva „Gripei” cu Serviciul de Sănătate Publică al SUA, mi-a fost adus la cunoștință faptul că rareori cineva care fusese alcalinizat complet cu bicarbonat de sodă a contractat boala și cei care au contractat-o, dacă se alcalinizează devreme, invariabil au atacuri ușoare. De atunci, am tratat toate cazurile de „răceală”, gripă și LaGripe, oferind mai întâi doze generoase de bicarbonat de sodă și, în multe, multe cazuri, în termen de 36 de ore, simptomele s-ar fi diminuat în totalitate.

Mai mult, în cadrul gospodăriei mele, înaintea cluburilor de femei și a asociațiilor de părinți-profesori, am susținut utilizarea bicarbonatului de sodă ca preventiv pentru „răceală”, cu rezultatul că acum apar multe rapoarte care afirmă că cei care au luat „ Sifonul ”nu a fost afectat, în timp ce aproape toată lumea din jurul lor a avut„ gripa ”.

„Pe lângă faptul că face bine în afecțiunile respiratorii, bicarbonatul de sodă are o valoare inestimabilă în tratamentul intoxicației alimentare, pielitei (inflamația bazinului), hiperacidității urinei, tulburărilor de acid uric, reumatismului și arsurilor. Un curs ocazional de trei zile de eliminare a bicarbonatului de sodă crește puterea de rezistență a corpului la toate bolile infecțioase.

Dr. Volney S. Cheney a raportat [11] că, „Un număr de cazuri de răceli de severitate variabilă au fost studiate cu atenție în laborator. S-a făcut observarea gradului de aciditate a urinei, CO2, combinând puterea sângelui ca indicator al rezervei alcaline, s-au făcut, de asemenea, teste pentru a determina conținutul de calciu din sânge, conținutul de zahăr azot neproteic și cel bazal metabolism. Urina a avut în mod invariabil un grad mai ridicat de aciditate decât cel normal - în unele cazuri până la 800 (normal 350) puterea de combinare a CO2 a sângelui în toate cazurile a fost scăzută, cea mai mare fiind de 52% conținutul de zahăr din sânge a fost în general a scăzut (sub 100 mg la 100 cc) rata metabolică a fost întotdeauna pe partea minus. (Aceste cazuri au fost atent selecționate din cauza lipsei oricăror simptome ale tulburării activității tiroidiene.) Există o modificare a chimiei sângelui și, în consecință, trebuie să existe o modificare a țesuturilor furnizate de sânge. Există o scădere a bicarbonatelor sau a bazelor de rezervă conținute în plasma sanguină și în țesuturi. Aceste descoperiri par să indice calea către concluzia că o răceală este o perturbare a echilibrului sau rezervei alcaline, cu alte cuvinte, o acidoză ușoară sau poate mai bine spus, o diminuare a acțiunii „tampon” a plasmei sanguine printr-o scăderea conținutului său de bicarbonat. ”

Bicarbonatul de sodiu este medicamentul important deoarece dă mai mult dioxid de carbon organismului și mai ales sângelui sub formă de bicarbonate. Bicarbonatul din sânge este ușor transformat în dioxid de carbon (CO2), iar inversul este adevărat în reacțiile biochimice care au loc aproape cu viteza luminii. Concluzia a ceea ce se întâmplă atunci când se ia bicarbonat de sodiu pe cale orală este că se transformă în CO2 în stomac, ducând bicarbonatele în sânge, ceea ce ajută la livrarea mai multor sânge și oxigen către celule.

După ce și-a făcut experimentele, Dr. Cheney a raportat: „Am reușit să induc toate simptomele unei răceli, în diferite grade, de la o simplă coriză la cea a grippe și„ gripă ”, prin inducerea unei acidozei artificiale prin administrarea de cloruri de amoniu și calciu. Gradul de severitate al simptomelor a fost în raport direct cu gradul de acidoză indus. În gradul mai sever de acidoză, toate simptomele clasice ale „gripei” au fost prezente, inclusiv inclusiv un grad scăzut de febră. Simptomele au dispărut rapid la administrarea de bicarbonat de sodiu în doze mari pe cale orală și rectală.

Bicarbonatul de sodiu este unul dintre cele mai flexibile medicamente în ceea ce privește metodele și modurile de administrare. Poate fi injectat în situații de urgență, administrat oral, nebulizat, utilizat transdermic ca loțiune sau pastă, introdus în clisme și în cantități mai mari în băi terapeutice. Doar dizolvați-l în apă sau când tratați cancerul, poate fi amestecat și cu melasă Blackstrap, sirop de arțar sau o miere bună, precum și cu lămâie sau amestecați cu acid citric pentru utilizare în băi sau atunci când vă faceți propriile bombe de baie.

Nu există nicio îndoială că concentrațiile de bicarbonat din plasmă se arată că cresc după ingestia orală. Cel mai important efect al ingestiei de bicarbonat este modificarea echilibrului acido-bazic în fluidele biologice. În Europa, asistenții la spa beau apă bogată în bicarbonat pentru a vindeca ulcerele, colita și alte tulburări gastrice. Ingerarea bicarbonatului prin scăldat stimulează circulația, beneficiind eventual persoanele cu hipertensiune arterială și ateroscleroză moderată. Ar fi extrem de neglijent să-l excludem de la tratamentele cu Ebola.

Creșterile de dioxid de carbon și bicarbonate duc la creșterea oxigenului

Cel mai important factor în crearea unui pH adecvat este creșterea oxigenului deoarece niciun deșeu sau toxină nu poate părăsi corpul fără a se combina mai întâi. cu oxigen. Cu cât sunteți mai alcalin, cu atât mai mult oxigen poate păstra și păstra fluidele. Oxigenul tamponează / oxidează acizii metabolici reziduali, ajutându-vă să vă mențineți mai alcalin. & # 8220 Secretul vieții este atât să hrănească și să hrănească celulele, cât și să le lase să-și spele deșeurile și toxinele & # 8221, potrivit dr. Alexis Carrell, laureat al premiului Nobel în 1912. Dr. Otto Warburg, de asemenea, laureat al premiului Nobel, în 1931 și anul 1944, a spus, & # 8220 Dacă mediul nostru intern a fost schimbat dintr-un mediu lipsit de oxigen acid într-un mediu alcalin plin de oxigen, virușii, bacteriile și ciupercile nu pot trăi. & # 8221

Poziția curbei de disociere a oxigenului (ODC) este influențată direct de pH, temperatura corpului central și presiunea dioxidului de carbon. Potrivit Warburg, cantitățile crescute de agenți cancerigeni, toxicitatea și poluarea sunt cele care fac ca celulele să nu poată absorbi oxigenul în mod eficient. Acest lucru este legat de supraaciditate, care în sine este creată în principal în condiții de oxigen scăzut.
Potrivit Annelie Pompe, un alpinist proeminent și scafandru liber campion mondial, țesuturile alcaline pot deține până la 20 de ori mai mult oxigen decât cele acide. Când celulele și țesuturile corpului nostru sunt acide (sub pH de 6,5-7,0), își pierd capacitatea de a schimba oxigenul, iar celulelor canceroase le place acest lucru.

Notă specială: Aceasta nu este singura modalitate de a jupui pisica (virusul). Susținerea directă a sistemului imunitar printr-o serie de mijloace naturale și completarea Vitaminei C mai repede decât Ebola o scoate din corp, creând o scorbut ușoară și hemoragia masivă este o altă. Lovirea puternică a corpului cu glutation și seleniu este încă o cale de tratament puternică și inteligentă, care nu este urmărită de către unitatea medicală din vest, care preferă să se plângă că nu există tratament.


Perspective

Intrarea în celula țintă și încălcarea membranei de limitare a gazdei sunt primii și, fără îndoială, cei mai dificili pași pentru realizarea unui virus. Pentru mulți viruși, această barieră este reprezentată de membrana endosomală. Se identifică un număr din ce în ce mai mare de factori gazdă care facilitează evadarea endosomală virală și, prin aceasta, se descoperă punctele comune mecaniciste. De exemplu, conceptul de comutare a receptorilor pare să fie împărtășit de mai mulți viruși înveliți (Jae și Brummelkamp, ​​2015). Cercetările viitoare vor determina dacă implicarea receptorilor intracelulari este o strategie comună de intrare pentru virusurile învelite și poate, de asemenea, neînvelite. O altă caracteristică aparent colectivă a penetrării endosomale virale este capacitatea de a coopta răspunsurile la deteriorarea membranei ale celulei țintă. Fie că implică recrutarea fosfolipazelor gazdă (intrarea picornavirusului) sau exocitoza lizozomală (intrarea adenovirusului), toate joacă un rol semnificativ în timpul evadării virale din endosom. Timpul va spune dacă aceste mecanisme de evadare sunt exemple izolate sau dacă sunt răspândite și împărtășite de diferite familii de viruși.

În mod surprinzător, se știe puțin despre răspunsul antiviral celular la nivelul penetrării membranei endosomale, în special pentru virusurile învelite. Este bine stabilit că celulele pot simți conținutul genomic viral odată ce este eliberat în citoplasmă prin acțiunea mai multor receptori de recunoaștere a modelelor (Thompson și colab., 2011 Jensen și Thomsen, 2012), dar sunt celule capabile să distingă între membrana fiziologică evenimente de fuziune și fuziune de membrană declanșată de glicoproteine? Întrebări fundamentale ca acestea rămân de investigat și va fi interesant să vedem cum cunoștințele noastre mecanice despre căile de evadare și detectare virală continuă să se extindă și să ofere potențiale noi ținte pentru strategiile antivirale.


Replicarea virusului Herpes Simplex

Replicarea herpesului presupune trei faze: transcrierea genei, asamblarea virală în nucleu și înmugurirea prin membrana nucleară.

Obiective de invatare

Examinați ciclul de replicare virală herpes simplex

Chei de luat masa

Puncte cheie

  • La intrarea în nucleul celulei gazdă, se inițiază trei faze distincte ale transcripției genelor și sintezei proteinelor, producând proteinele imediate-timpurii, timpurii și târzii.
  • Asamblarea nucleocapsidă virală are loc în nucleul celulei gazdă.
  • Virusul își dobândește învelișul final prin înmugurirea în vezicule citoplasmatice.

Termeni cheie

  • nucleocapsidă: Structura de bază a unui virus, constând din acid nucleic înconjurat de un strat de proteine.

După infectarea unei celule, se produce o cascadă de proteine ​​ale virusului herpes, numite imediat-timpuriu, timpuriu și târziu. Cercetările care utilizează citometrie în flux pe un alt membru al familiei virusului herpes, Kaposi & # 8217s, herpesvirus asociat sarcomului, indică posibilitatea unei etape litice suplimentare, întârziată-târziu. Aceste etape ale infecției litice, în special litice tardive, sunt distincte de stadiul de latență. În cazul HSV-1, nu sunt detectate produse proteice în timpul latenței, în timp ce sunt detectate în timpul ciclului litic.

Virusul herpes simplex: Structura nucleului conservat al proteinei de reglare transcripțională a virusului herpes simplex VP16.

Proteinele timpurii transcrise sunt utilizate în reglarea replicării genetice a virusului. La intrarea în celulă, o proteină α-TIF se alătură particulei virale și ajută la transcrierea imediat-timpurie. Proteina de oprire a gazdei virion (VHS sau UL41) este foarte importantă pentru replicarea virală. Această enzimă oprește sinteza proteinelor în gazdă, degradează mARN-ul gazdei, ajută la replicarea virală și reglează expresia genică a proteinelor virale. Genomul viral se deplasează imediat la nucleu, dar proteina VHS rămâne în citoplasmă.

Replicare HSV: Intrarea HSV în celula gazdă implică interacțiuni ale mai multor glicoproteine ​​pe suprafața virusului învelit, cu receptori pe suprafața celulei gazdă. Plicul care acoperă particula virusului, atunci când este legat de receptori specifici de pe suprafața celulei, se va fuziona cu membrana celulei gazdă și va crea o deschidere sau por, prin care virusul pătrunde în celula gazdă. O enzimă oprește sinteza proteinelor în gazdă, degradează mARN-ul gazdei, ajută la replicarea virală și reglează expresia genică a proteinelor virale.

Proteinele târzii formează capsida și receptorii de pe suprafața virusului. Ambalarea particulelor virale - inclusiv genomul, nucleul și capsida & # 8211 are loc în nucleul celulei. Aici, concatemerii genomului viral sunt separați prin clivaj și sunt așezați în nucleocapside pre-formate. HSV-1 suferă un proces de învelire primară și secundară. Anvelopa primară este dobândită prin înmugurire în membrana nucleară internă a celulei. Acest lucru apoi fuzionează cu membrana nucleară externă eliberând o capsidă goală în citoplasmă. Virusul își dobândește învelișul final prin înmugurirea în vezicule citoplasmatice.


Abstract

Herpesvirusurile sunt virusuri ADN mari, care sunt extrem de abundente în populația gazdă. Chiar și în prezența unui sistem imunitar sănătos, acești viruși reușesc să provoace infecții pe tot parcursul vieții. Această persistență este parțial mediată de virusul care intră în latență, o fază de infecție caracterizată prin exprimarea limitată a proteinelor virale. Mai mult, herpesvirusurile și-au dedicat o parte semnificativă din capacitatea lor de codificare strategiilor de evaziune imună. Se crede că coexistența strânsă a herpesvirusurilor și a gazdelor acestora a dus la evoluția proteinelor virale care atacă în mod specific brațele multiple ale sistemului imunitar gazdă. Limfocitele T citotoxice (CTL) joacă un rol important în imunitatea antivirală. CTL-urile își recunosc ținta prin peptide virale prezentate în contextul moleculelor MHC la suprafața celulei. Fiecare herpesvirus studiat până în prezent codifică multiple molecule de evaziune imună care interferează în mod eficient cu etapele specifice ale căii de prezentare a antigenului MHC clasa I. Transportorul asociat cu procesarea antigenului (TAP) joacă un rol cheie în încărcarea peptidelor virale pe molecule MHC clasa I. Acest lucru este reflectat de numeroasele moduri în care herpesvirusurile s-au dezvoltat pentru a bloca funcția TAP. În această revizuire, descriem caracteristicile și mecanismele de acțiune ale tuturor inhibitorilor TAP codați de virus cunoscuți. Se identifică ortologii acestor proteine ​​codificate de viruși înrudiți și se discută despre conservarea inhibiției TAP. Este inclusă o analiză filogenetică a membrilor familiei Herpesviridae pentru a studia originea acestor molecule. În plus, discutăm caracteristicile primului inhibitor TAP identificat în afara familiei herpesvirus, și anume în virusul cowpox. Strategiile de inhibare a TAP folosite de viruși sunt foarte distincte și este posibil să fi fost dobândite independent în timpul evoluției. Aceste descoperiri și descoperirea recentă a unui inhibitor TAP non-herpesvirus reprezintă un exemplu izbitor de evoluție funcțională convergentă.

Citare: Verweij MC, Horst D, Griffin BD, Luteijn RD, Davison AJ, Ressing ME, și colab. (2015) Inhibiția virală a transportorului asociat cu prelucrarea antigenului (TAP): un exemplu izbitor de evoluție convergentă funcțională. PLoS Pathog 11 (4): e1004743. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1004743

Editor: Kasturi Haldar, Universitatea Notre Dame, STATELE UNITE

Publicat: 16 aprilie 2015

Drepturi de autor: © 2015 Verweij et al. Acesta este un articol cu ​​acces liber distribuit în condițiile Licenței de atribuire Creative Commons, care permite utilizarea, distribuirea și reproducerea nelimitată în orice mediu, cu condiția ca autorul și sursa originale să fie creditați.

Finanțarea: Această lucrare a fost susținută de Consiliul de cercetare medicală din Marea Britanie (MC_UU_12014 / 3 www.mrc.ac.uk la AJD) și de Organizația Științifică Olandeză (NWO Vidi 917.76.330-1 www.nwo.nl/en la MER). Finanțatorii nu au avut nici un rol în proiectarea studiului, colectarea și analiza datelor, decizia de publicare sau pregătirea manuscrisului.

Interese concurente: Autorii au declarat că nu există interese concurente.


Recenzii

Revizuit de Shabana Malik, instructor adjunct, Colegiul DuPage pe 19.04.21

Manualul este împărțit în microorganisme celulare și celulare în care celulele se concentrează pe viruși și prioni și celulare cu restul microbilor. Acest manual are legături web încorporate în loc de imagini care îi iau pe elevi direct. Citeste mai mult

Revizuit de Shabana Malik, instructor adjunct, Colegiul DuPage pe 19.04.21

Evaluare cuprinzătoare: 5 vezi mai puțin

Manualul este împărțit în microorganisme celulare și celulare în care celulele se concentrează pe viruși și prioni și celulare cu restul microbilor. Acest manual conține legături web încorporate în loc de imagini care îi duc pe elevi direct la pagina web cu imagini vizuale, precum și mai multe explicații. Acestea sunt unele dintre cele mai bune linkuri de materiale educaționale. Diagramele sunt completate cu imagini reale (ca în capitolul microscop), ceea ce face mai utilă vizualizarea produsului real. Fiecare capitol are întrebări de studiu și explicative, precum și cuvinte cheie la final. Cartea rezumă diferențele cheie dintre bacterii și archaea. Capitolul despre viruși are un link video oferit de academia Khan. Pe lângă acoperirea subiectelor despre structură, funcție, taxonomie, evoluție, nutriție, etc. această carte cuprinde și tehnici de inginerie genetică și genomică microbiană.

Evaluarea preciziei conținutului: 5

Manualul este corect, fără erori și este imparțial.

Relevanță / rating de longevitate: 5

The text has all the basic information listed about the microbes, microscopes, red-ox reaction, taxonomy and evolution, genetic engineering, etc. The text is organized in a way that new information can be easily added, for e.g. in the chapter on viruses, new information about the corona virus can be easily updated.

In some places, the technical terms are used without abbreviations. If the reader continues, they might encounter the abbreviations and have to read back to see what the abbreviation stands for.

The book uses long sentences to describe concepts, shorter sentences would have been easier to understand.

The text is nicely divided into heading and subheadings and information flows in an organized manner.

Organization/Structure/Flow rating: 5

The last two chapters (Bacterial Pathogenicity and Viruses) should have been placed along side bacteria and viruses Introduction chapters so as to maintain a continuous theme.

The text is easily navigated and links are all working and updated. All weblinks, hyperlinks, images, charts, and pictures are clearly inserted at the right spot.

Grammatical Errors rating: 5

Text conains no grammer error.

Cultural Relevance rating: 5

The text cites examples from scientists from different backgrounds. The text also gives examples from common-day English language grammar and spellings as a way to introduce the topics to the students.

I think a text has a screenshot of BLAST results which is an excellent strategy to introduce students and get them excited about genome sequencing.

Reviewed by Robyn Roberts, Assistant Professor, Colorado State University on 12/8/20

This book does a good job of introducing the basic field of microbiology. Some books I’ve seen are very heavily focused on bacteria, and this one is a bit more comprehensive with sections on archaea and viruses. I wish it had sections on fungi. read more

Reviewed by Robyn Roberts, Assistant Professor, Colorado State University on 12/8/20

Comprehensiveness rating: 3 see less

This book does a good job of introducing the basic field of microbiology. Some books I’ve seen are very heavily focused on bacteria, and this one is a bit more comprehensive with sections on archaea and viruses. I wish it had sections on fungi and protists as well since they were specifically listed in the introduction, and these systems would fit well as mentions in specific topical sections, such as protists in the Phototrophy section and fungi in the Nitrogen fixation section (e.g. Mycorrhizae) (only bacteria are mentioned). Oomycetes and nematodes should be mentioned since they are microbes as well. Like many general microbiology books, this book is heavily focused on microbes that interact with humans/mammals. It would also be good to mention that microbes associate with all domains of life (for example, viruses infect animals, plants, fungi, protists, etc). Included should be more examples of microbes that associate with plants, and explain that certain classes of microbes or descriptions of microbes are specific for their hosts. For example, retroviruses and the lytic/lysogenic descriptions do not apply to viruses that infect plants. More classification, and a broader view of what it means to be a “microbe” outside of the narrow view of mammals, would be a nice addition. One specific section that could highlight important plant-microbe interactions is the symbiosis section—only the human microbiome, quorum sensing, and biofilms are covered. Symbiosis plays a huge role in agriculture through rhizobial and mycorrhizal interactions that are important for nitrogen fixation and nutrient uptake, and play major roles in crop rotation decisions. The bacterial pathogenicity section is also very focused on bacterial-animal pathogenicity and does not mention plants. Bacterial plant pathogens have huge impacts on agriculture and food security and should be mentioned in this section. Introducing agricultural/plant topics in introductory classes is important to expose students to fields outside of medicine, which is particularly important for biology majors (who seem to be the target of this textbook).

Content Accuracy rating: 4

The content itself is accurate, but is biased toward mammalian microbiology.

Relevance/Longevity rating: 4

Topics covered are foundational and should not need much updating over time. Needed updates will be relatively easy and straightforward to implement.

The cartoons/diagrams are beautiful, clean, and easy to understand. The style of writing is interesting and should keep the attention of an introductory class.

The terminology and framework are consistent.

The sections are appropriate and it should be pretty easy to jump between sections after the introductory topics.

Organization/Structure/Flow rating: 5

The book is well organized and presented in a logical, clear fashion.

Grammatical Errors rating: 5

The book is well-written and free from grammatical errors.

Cultural Relevance rating: 3

The book does not highlight the work of many authors, and the authors that are highlighted are mostly men. It could be useful to include examples of discoveries made by women and underserved groups.

This book seems to be targeted to non-microbiology majors and would work well for a general undergraduate course for biology majors (a 200-300 level class). The study questions are a nice addition to help guide students in their studies of the subject, as well as the key words. This helps replace a course study guide and could also serve as homework problems.

Reviewed by Debby Filler, Professor, Minnesota State - Anoka Ramsey Community College on 7/1/19

Missing a section on Eukaryotic microbes - but interestingly, they are referred to fairly often - without actually explaining about them. read more

Reviewed by Debby Filler, Professor, Minnesota State - Anoka Ramsey Community College on 7/1/19

Comprehensiveness rating: 4 see less

Missing a section on Eukaryotic microbes - but interestingly, they are referred to fairly often - without actually explaining about them.

Content Accuracy rating: 5

Seems reasonably accurate for the level that it is written.

Relevance/Longevity rating: 4

Missing discussion about antibiotic resistance - critically important in my opinion.

Too much detail on the constructs of more advanced microscopes, but brightfield microscopes (which are the only type most students will encounter) are presented as a line drawing. Inconsistent also in the depth of various concepts. In the diagram for Lactic Acid Fermentation, NAD+ is missing the plus (+) in one place.

I'm not wild about what goes into each module. For example, the chapter called Environmental Factors covers some factors relating to growth (but not all the ones I prefer to cover), but also factors relating to controlling microbial growth. I would prefer those to be in different chapters to emphasize what is required for growth, and then emphasizing what can be used to interrupt necessary factors.

Organization/Structure/Flow rating: 4

See modularity. Introduction to Viruses is surprisingly far away from the chapter called Viruses. De ce?

Too many references to outside sources, requiring the reader to leave the textbook and go elsewhere for critical information.

Grammatical Errors rating: 3

I found the informal tone extremely distracting and unprofessional. When I'm teaching, I want my students to learn to read, write, and speak as professionals. Informal chatty tone is ok in the classroom when trying to help them understand complex concepts. But I find that if they never read professional writing, they will never write professionally.

Cultural Relevance rating: 4

See comments about unprofessional tone. I think that the unprofessional tone borders on cultural insensitivity.

Reviewed by Beverly Burden, Associate professor, LSUS on 4/13/19, updated 5/6/19

The material shallow, best suited for a community college level course. read more

Reviewed by Beverly Burden, Associate professor, LSUS on 4/13/19, updated 5/6/19

Comprehensiveness rating: 3 see less

The material shallow, best suited for a community college level course.

Content Accuracy rating: 1

Relevance/Longevity rating: 2

I especially liked the chapter on genetic engineering.

Very clear, I like the small subheadings.

Each chapter used the same format.

Very nice in discrete packets.

Organization/Structure/Flow rating: 4

Why two chapters on viruses?

The microscope chapter could use some images of the bacteria using the different types of microscopes.

Grammatical Errors rating: 1

I did not see any grammatical errors.

Cultural Relevance rating: 1

It was not culturally insensitive.

Reviewed by Jennifer Powell, Associate Professor, Gettysburg College on 3/19/19

So many commercial microbiology textbooks devote many chapters to descriptions of specific microbes from many of the major taxa. I really like the fact that this text does not, but rather focuses on the biology of microorganisms. It does a pretty. read more

Reviewed by Jennifer Powell, Associate Professor, Gettysburg College on 3/19/19

Comprehensiveness rating: 3 see less

So many commercial microbiology textbooks devote many chapters to descriptions of specific microbes from many of the major taxa. I really like the fact that this text does not, but rather focuses on the biology of microorganisms. It does a pretty nice job with cell biology however, there were a few areas of microbiology that I would have loved to see addressed in more depth. For example: Evolution, RNA world, origin of life, endosymbiosis, quorum sensing. Further, there are several other topics that I consider vital in a course on microbial biology but were omitted completely from this text. For example: Secretion, operons, regulation of gene expression, two-component regulators, CRISPR. No microbiology textbook can or should cover all subjects, of course, but these seemed like glaring omissions. Overall, the level of mechanistic detail seems most appropriate for a really good non-majors class on microbial biology. It is (refreshingly) not targeted for a medical microbiology course for any level. Perhaps it is my own bias, but I would prefer a more comprehensive text, both in terms of the subjects included and the depth of discussion of those subjects, for a microbial biology course targeted for biology majors.

Content Accuracy rating: 4

The accuracy of the text seemed quite good for the level to which it appears targeted. There are plenty of details that are omitted or over-simplified, but I did not find any gross inaccuracies.

Relevance/Longevity rating: 3

I feel that several important missing topics would give this text more contemporary relevance. CRISPR genome editing is one of the most impactful discoveries / inventions in biology in decades, yet it is not even mentioned. Antibiotics are mentioned a few times, but there is no intentional discussion of antibiotic mechanisms of action or mechanisms of resistance. Biofilms and quorum are discussed superficially, but not two-component regulators. Transcription, translation, operons, and the regulation of gene expression are missing.

The writing style is clear and descriptions good. As mentioned above, I am glad this text does not devote hundreds of pages to cataloging specific microbes. However, the author does make use of specific examples to illustrate general principles – e.g. the classic quorum sensing and symbiosis example of bioluminescent bobtail squid. This is a great way to facilitate student learning. An extension of this concept that I think would further increase the clarity of the text is to describe more molecular mechanisms. A process described in concrete mechanistic terms may take some extra effort from the student to learn initially, but the students then have a much deeper understanding than if they had just memorized a superficial abstract description of that same process. Molecular mechanism helps students really understand how a process works.

I did not find any major inconsistencies.

This text had good modularity. I used it to teach a course with completely different organization but didn’t have trouble assigning sections in a different order.

Organization/Structure/Flow rating: 5

The organization was logical and flowed from one topic to the next reasonably well. As noted above, I would have loved to see more in-depth coverage of several topics, which I think would improve the overall flow by filling in some gaps.

Grammatical Errors rating: 4

I was not a huge fan of the informal, conversational style. In my opinion it didn’t fit the charge of a textbook. It is challenging to help students learn to write well and to adapt their written and oral communication styles for different audiences. A textbook is supposed to be an authoritative reference but the more chatty feel of this text undermined its authority.

Cultural Relevance rating: 5

I did not notice any cultural insensitivities.

Reviewed by Michael Chorney, Professor of Biology, Pennsylvania State University on 2/1/18

First off, I enjoyed the tome. It was a pleasant read and it covers most areas pertinent to microbiology. I give it reasonably high marks for comprehensiveness, though there are some holes. I also like its straightforward style (though there. read more

Reviewed by Michael Chorney, Professor of Biology, Pennsylvania State University on 2/1/18

Comprehensiveness rating: 3 see less

First off, I enjoyed the tome. It was a pleasant read and it covers most areas pertinent to microbiology. I give it reasonably high marks for comprehensiveness, though there are some holes. I also like its straightforward style (though there are some concerns regarding approach) that reduced the essentials to understandable information this is particularly relevant to today's undergraduates who appreciate direct approaches and the distillation of difficult concepts translated into simple-to-grasp words. I believe Dr. Bruslind accomplishes the creation of a textbook that students would enjoy as a guide through a lower level microbiology course (say 100 to 300 level). That said, I felt at times that some of the text was a tad glossy, and that at other times the topics were quickly broached but void of their broader significance. I do not find this any form of substantive negative, in that I expect students to refer to other sources, including websites, databases, etc. however, it is clear that in this day, many students want the spoon-feeding approach towards learning in which the meal has all the essentials needed to navigate to and beyond testing time (my opinion). In any event, this is generally a well-written and clear offering, though there are some areas to possibly expand upon in the future, and I offer these for consideration. Here are a few concerns: One area I found a bit lacking was Mycobacteria and intracellular parasitism. There is ample evidence that the use of fire in enclosed settings may have promoted the virulence of these bugs in human lungs. Then, there is also leprosy to consider.. Another area I found absent was how microbes have positively selected for many human alleles, i.e., have provided pressures ranging from the overdominant selection of delta 508 for CFTR to other alleles in balancing selection mode (HLA). There is no discussion of evolution and microbes' impact on human diversification/evolution in response to virulence, and no mention of Lenski and long-term evolution experimentation (citrate, glyoxylate intersections relevant to the TCA cycle and carbon source selection). Și. no protists: Plasmodium, trypanosomiasis, leishmania, etc. and their diseases. Și. no discussion of the homing of human innate immunity on microbial molecules recognized through toll-reception. LPS is a great opportunity to discuss bacterial impact on the patient (see the amoebocyte lysate test), as was G-C content. Și. no antibiotic discussion, their overuse, and their rapid evolution. Și. no mention of restriction/modification systems and CRISPR. Și. no operons. I fully realize the book already tackles a panoply of topics, though the above are of importance, some growing rapidly in their popularity.

Content Accuracy rating: 4

Generally, I found few concepts/information/ideas, etc., that were off-base with respect to their accuracy. The information was well-presented with few errors or gaffs. I give high marks for the conveyance of many difficult concepts in a straightforward and understandable fashion, which students should find fully palatable and rewarding in the study of micro-organisms. In Ch 4, does the author mean to use antibiotics under Gram Negative Cell Walls, but instead is referring to antibodies? This may be the 9th, or so, sentence. In the same chapter, I believe Braun's proteins attach to the membrane via their own hydrophobic moieties, maybe fatty acids, not a polar head--check this. The statement that lactams attack the cell wall could be misleading: they inhibit synthesis, so this may be a grammatical consideration needing redress. Ch 6, the lipid figure shows phosphate as the terminal moiety of the membrane elements: why not include the polar heads, and introduce them in the text. It is not clear as to whom the intended audience is--some of the material is challenging, other discussions are a bit superficial. Later, there is no mention of Next-Generation Sequencing and the concomitant technological advances associated with these forms of analysis. If memory serves, microarray technology is included what about discussing the elements of Sanger sequencing, or is the author expecting students to already have this knowledge?

Relevance/Longevity rating: 4

It is my opinion that the topics are contemporary and will readily stand the 'test of scientific time.' The quantum nature (for want of a better term i.e., the sub-chapter, paragraph parceling) in which the material is presented (and which I find generally helpful), will allow rapid updates and addenda to be accreted down the road without any upheaval.. The topics/chapters constitute traditional, important elements of the field and they are relatively cemented in temporal place with respect to their relevance and value. Overall, fine from my vantage point, and supportive of reasonable longevity of the e-text.

I have a few suggestions to make, which may aid the author, certainly the student readers may benefit though some of my observations may be minor in scope. I present my feel of the read with respect to areas that I thought a bit rushed. 1. The scale discussion was fine and well-placed, but emphasis should be made on understanding the physical nature of the meter, centimeter and millimeter before going smaller, i.e., give the students a real starting point from which to better comprehend the physical aspects of these distances (they already know foot and inch, etc.). I felt the discussion proceeded too quickly. The Learning Genetics website inclusion was good, and maybe this will substitute for what I found lacking in the 'scale' narrative--this may be minor. 2. I would like a bit more clarity on the surface/volume constrictions, which seem left to the student to draw conclusions. Small is good, big problematic, but where is any sort of cellular line crossed? 3. The membrane fatty acid elements contribute to the fluid mosaic nature of membranes. Why not include the Singer/Nicolson paper reference and discuss lateral mobility related to saturated/unsaturated fats and their melting temps. 4. It was mentioned that the cell wall exists outside the membrane, then later the author proceeds to discuss the Gram -'s and the periplasmic space. A bit illogical. Then, it is mentioned that some bacteria do not have cell walls at all. How many (number) peptidoglycan layers do each Gram type possess? 5. In many instances, it would be advisable to develop tables which will help organize and make the material much clearer and better integrated/related. 6. State what a spore does and how it is important up front. As they say in the military, BLUF, for bottom-line up front. 7. Emphasize why enzymes are physically juxtaposed within the cell--i.e., to bring them together for a common catalysis in the various 'somes--in eukaryotes, you have scaffolding proteins to facilitate metabolite/substrate handoffs (I'm referring to proximity effects). 8. Ch 7 and taxa, a table would greatly help. In the phylogenetic tree in Ch 1, T. celer is used, no genus name. Fii consistent. 9. In the surface structure chapter, explain up front how the environment needs to be surveyed and explored related to mobility/chemotaxis, receptors and metabolite transport, etc., by microbes. Maybe minor again, but it seems sometimes that topics are not introduced with respect to broader significance, but one finds, rather, that the material is quickly broached without lead-in. 10. Why have a very general chapter on viruses midway through the book, and then pick things up again in the last chapter. Combine these or juxtapose them. Also, give examples of relevant viruses, like SV40, EBV, hepatitis, flu, etc. I found that much information is presented without the provision of examples, both viruses and bacteria, and their contribution to human health and society. 11. You mention lysogeny in chapter 8, what about random insertions in the human genome by lentiviruses (one need wait until the end of the book as mentioned) and insertional mutagenesis there is no use of the word tropism. 12. Ch 9 mentions antibiotics, what about colicins? 13. Is cryophile a more apt word for cold-attuned bacteria? Also, 'Bacteria' are given as a domain, what about 'Eubacteria' (I am not fully aware as to the correct terminology, but have been using eubacteria in class--am I wrong?). 14. A question related to pH adaptation is intriguing--would you consider challenging students to consider protein side groups and catalysis as a potential advanced query related to extremophiles (low and high pH dwelling species? 15. Iron is glossed over--what about iron-sulfur centers what about Mycobacterial need for iron in their intracellular sights, and what about the wonderful, if controversial story of NRAMP1 and iron? Maybe expand on this and include some molecular biology. 16. Electron transport is varied, but a better figure, with clearly marked protein complexes, cytochromes, and their Eo's, would have helped. 17. What makes RNA the prime biochemical moiety considered to be relevant to the first steps in genome replication? This is not broached. 18. What is the relevance of jumping genes to bacteria? Can the students answer this question without a discussion of their relevance to humans (retroviruses and cDNA and random insertion mediated by functional, activated LINE 9s). Doar un gand. 19. The discussion of PCR is the perfect place to discuss the value of thermophiles to this molecular technology. 20. Cytokine production in bacterial systems may be better replaced by the production of insulin, of great medical value. 21. It may be worthwhile to mention genome/protein databases students can access, NCBI, COSMIC, Uniprot, etc. 22. Explain the molecular conversion of lactate to ethanol in fermentation. Structures? 23. While many students may appreciate the lack of molecular structures, some may be of value in appropriate chapters. Undergraduates destined for health professions like the MD and PhD, to name but a few, may find this somewhat of a deficit, though they can look them up (granted). 24. Tables, tables, tables throughout the book. These would help much (sorry to be repetitive about their inclusion), for instance, cloning vectors related to origin and usefulness (how big of an insert can they handle) would have been helpful, as would virulence factors/diseases, etc. These are some areas in which the author might consider expansion for clarity's sake, although none of these represent the redress of any deal-breakers in the text.

The consistency doesn't create any major problem. Acronyms are consistently used. The discussion of genus and species were appropriate. I would do the same for genes (wildtype and mutants) and proteins. A few sentences have varied capitalization, like early on with respect to Domain and domain, check this. Some of the charge values, like -2, +1, etc., were juxtaposed to the element number, like NO31-, with no distinction in their subscript/superscript positioning. A few scientist names are mentioned (e.g., McClintock) what about Margulies, Temin, Varmus, Bishop. Importance is also given to the oncoviruses, why not mention papilloma viruses, SV40, EBV, etc. The absence of Peyton Rous's virus and Src in the transducing avian leukosis virus, deserves inclusion in my opinion.

This is reasonable. The pace if fine, the breaks between major elements allows for reshuffling/reorganization. There is a tidiness within each chapter with minimal reference to others, though I am not sure this is fully a beneficial thing. I would, nevertheless, move some of the material around a bit. The bacterial disease chapter (and virulence) needs to be brought forward, perhaps, as does the final viral chapter. I would group the uses of, and impact by, bacteria on humankind into a section and would include (1) fermentation/food, (2) molecular biology/cloning, (3) health/disease, (4) weaponization (consider this), and maybe others into a section, as I would microbial genomes, genetics and gene expression/control (include a discussion of operons, Jacob and Monod) into another, leaving taxa and biochemistry for the opening of the book.

Organization/Structure/Flow rating: 3

See above, this needs some revamping. I would begin with discussing structure and function of the archea, bacteria and viruses, with focus on morphology and genomes. This might then segue into taxa, phylogeny and move on to biochemistry and energy production (trophisms) with a discussion of glycolysis, electron transport and terminal electron acceptors, with a branching off to phototrophy. I would next talk about microbes' intersection with Homo sapiens, both positive and negative (utility in the food realm, molecular biology and health/microbiome/disease] and end with a discussion of evolutionary considerations (like intracellular parasitism) and environmental/ecological aspects. Maybe earlier I would also talk about microbe discovery, microscopes (which I liked in toto), and later, the history of the microbial world and its intersection with human existence (pandemics, emerging pathogens etc.). There are many ways to organize the topics, but I believe some novelty is required and some modification is appropriate. It would not be too big of a chore.

This is excellent--there were no issues. All of the websites were quickly accessed and of value to the text. I would add some databases, including the possibility of having students access microbial genomes within the NCBI and actually consider a blast exercise. Uniprot will help with understanding domains of some interesting bacterial sequences. Those sites I went to were crisp, clear and relevant to the discussion. I am wondering if videos exist to complement the fine microscope images early on. I would build on the interface elements that already exist as these were good.

Grammatical Errors rating: 4

Ch 1: Under Hooke, third sentence, drawing should be plural. A few of the sentences were awkward and inverted for instance, it was stated that: "The Eukarya Domain includes many non-microbes, such as animals and plants, but there are numerous microbial examples as well, such as fungi, protists, slime molds, and water molds." Why not state that the eukarya domain contains numerous microbial species such as fungi, protists, slime molds and water molds in addition to the larger animal and plant species. A few sentences existed as above. "But numbers, that is something." Or, but numbers are something, or a comparable subject-verb association. There are some inconsistencies and a bit closer review/editing needs to be undertaken. Overall, though, the grammar doesn't significantly distract from the text's message.

Cultural Relevance rating: 1

There is nothing major here, but I would argue against the very personable style of the author. It's homey and not untoward, though some may find it distracting (I did). The thought of a 'midlife crisis, not my taxes, E. coli, anyone,' etc., etc. is okay if spoken in the classroom, but these parenthetical phrases detracted from the subject matter and 'authority' of the author (maybe this is a bit severe, but my view). Some of the middle to later chapters take on a more serious overall tenor however, I would eliminate this sort of friendly/funny dialogue and stick with the science--save it for didactic sessions. Again, this is style-related, and I could be fully wrong. I didn't find anything to be controversial and exclusive with respect to any groups. This latter observation is a plus.

Again, I liked the book, and would give it a high 3 as it stands. I believe it could use a bit of tweaking in order to improve the content, to make things more flowing and clear, and to focus on a few topical addenda that would improve the breadth of the content and provide some slightly greater contemporary relevance. This shouldn't take much effort. I feel the e-textbook is close to becoming very useful to undergraduate students, and I am generally favorably disposed to the book, its current organization and its content. I feel that it can use some polishing and maybe a small change in the style, things which would enhance the quality of a book with a significant scaffold and much potential.


Predictions and Expectations

(1) Despite massive degeneration since the Fall, creationists expect to find more examples of complex, interdependent functions between ERVs and the host genome, which challenges the conception that ERVs are add-ins to pre-existing genomes.

(2) Discoveries are expected concerning the details of the interaction between ERVs and host cell DNA repair and maintenance, which would not be anticipated if ERVs were originally “selfish” exogenous entities.

(3) We expect more examples of degenerate and impaired functions, which may be repaired or restored by relatively small modifications (as with HERV-KCON (Lee and Bieniasz 2007).

(4) In line with their original design, creationists anticipate more examples of functional gene transfer by retroviruses between cells of the same host, between members of the same species, and possibly even between different species.


Concluzie

While there is a wealth of information currently available to understand the replicative cycle of filamentous phages, it is evident that mechanistic details in the process still need to be unraveled (Rakonjac și colab., 2011). One such area of interest is the assembly complex gp1–11. Despite its apparent simplicity, the assembly complex fulfils a variety of functions including forming a pore-like structure and driving the assembly of phage proteins onto the phage DNA strand. This process is reminiscent of many important processes such as pilus assembly or the formation and function of bacterial secretion machineries. Compared to these systems the filamentous phage assembly complex is much simpler, and therefore, an ideal model to study such molecular motors. The information obtained by studying this complex as a model will also deepen our understanding of more complex membrane-embedded molecular motors, such as those of proteins involved in pilus assembly or bacterial secretion systems.

Vă rugăm să rețineți: editorul nu este responsabil pentru conținutul sau funcționalitatea oricăror informații de susținere furnizate de autori. Orice întrebări (altele decât conținutul lipsă) trebuie să fie adresate autorului corespunzător pentru articol.


Priveste filmarea: Dépistage Des Lésions Précancéreuses Du Col De LUtérus (Ianuarie 2022).