Informație

Cum se determină grupul de rasă continentală (rasă) cu date transcriptom obținute cu microarray de ARN?


Spuneți că am o întreagă expresie a genomului (transcriptom) pentru un anumit țesut uman eșantionat. Aceste date sunt suficiente pentru a afla grupul de strămoși continentali ai unui donator?


Dacă puteți apela variante genomice din datele dvs., în funcție de acoperirea genomului, ar trebui să puteți mapa ascendența. De exemplu, dacă aveți citiri secvențiale, vă puteți alinia citirile la un genom de referință și apoi puteți apela la variante folosind conductele existente.

Odată ce ați efectuat apeluri variante, ați putea folosi markeri cu informații despre ascendență pentru a deduce direct ascendența eșantionului dvs.

Sau ați putea folosi software-ul existent pentru a mapa strămoșii eșantionului în raport cu alte eșantioane de strămoși cunoscuți, utilizând un program precum ADMIXTURE, STRUCTURE, EIGENSOFT sau doar analiza componentelor principale. Pentru eșantioane de referință, puteți utiliza un set de date disponibile publicului, cum ar fi HapMap 3 sau Human Genome Diversity Project.


Priveste filmarea: Gene Expression Analysis - RNA-Sequencing, concepts (Ianuarie 2022).